การยึดเมืองไซ่ง่อนปรากฏว่าเป็นชัยชนะที่ว่างเปล่าสำหรับฝ่ายฝรั่งเศสและสเปน เฉกเช่นการยึดเมืองดานังเมื่อก่อนหน้านี้ กองกำลังของฌองกีเบรีที่ไซ่ง่อนนั้นเล็กเกินกว่าที่จะออกจากแนวป้องกันไปได้ ในขณะที่กองประจำการอันน้อยนิดที่ดานังของร้อยเอกโตยงก็ถูกปิดล้อมโดยฝ่ายเวียดนาม อีกทั้งในตอนนั้น รัฐบาลฝรั่งเศสก็ถูกทำให้ไขว้เขวจากความทะเยอทะยานในภูมิภาคตะวันออกไกลเนื่องจากเกิดสงครามออสเตรีย-ซาร์ดิเนีย ทำให้ทหารฝรั่งเศสเป็นจำนวนมากต้องอยู่ในอิตาลี ในเดือนพฤศจิกายน ปี 1850 ริโก เดอ เยนูลี ที่ถูกวิพากษ์วิจารณ์อย่างหนักจากผลงานในโคชินจีนที่ฝรั่งเศส ถูกแทนที่โดยพลเรือเอก ฟรังซัวส์ พาจ ผู้ได้รับคำสั่งให้เจรจาสนธิสัญญาเพื่อคุ้มครองศาสนาคริสต์คาทออลิกในเวียดนาม แต่ไม่ให้ทำการล่าดินแดนใด ๆ[15]

ฝ่ายเวียดนามทราบถึงการไขว้เขวของฝรั่งเศสดี จึงปฏิเสธข้อเสนอที่จะประนีประนอมของฝรั่งเศส และเปลี่ยนเงื่อนไขการเจรจาไปในทางที่จะทำให้ฝ่ายพันธมิตรยอมตัดส่วนเสียและล้มเลิกการทัพทั้งหมดไป ในขณะเดียวกัน ฝ่ายฝรั่งเศสไม่สามารถที่จะเสริมกำลังทหารที่ประจำการอยู่ที่ดานังและไซ่ง่อนได้ และทันทีที่สงครามออสเตรีย-ซาร์ดิเนียจบลง ในช่วงต้นปี 1860 ฝรั่งเศสก็กลับมาทำสงครามกับจีนอีกครั้ง ทำให้พาจต้องโยกกำลังส่วนใหญ่ไปสนับสนุนกองกำลังบุกจีนของพลเรือเอก ลีโอนาร์ด ชาร์เน่

ในเดือนเมษายน ปี 1860 พาจก็เดินทางออกจากโคชินจีนเพื่อไปร่วมทัพกับชาร์เน่ที่กวางตุ้ง และหน้าที่ป้องกันไซ่ง่อนกับโชลอง ย่านคนจีนที่อยู่ใกล้เคียง ซึ่งเป็นศูนย์กลางการค้าที่สำคัญ ก็ถูกมอบหมายไปให้กับร้อยเอกดาเย เพื่อกระจายทหารไปประจำการยังเมืองทั้งสอง ดาเยมีทหารราบนาวิกโยธินเพียงแค่ 600 นายกับทหารสเปนที่อยู่ใต้บังคับบัญชาของพันเอกอีกูทีเรซ และเรือคอร์เวตพริโมเกต์, นอซาการาย และลาพลาเซ่เป็นกองเรือสนับสนุน เพื่อเสริมกำลังที่น้อยนิดนี้ ฝรั่งเศสติดอาวุธให้กับเรือสำเภาเพื่อลาดตระเวนแม่น้ำ และยังเกณฑ์ชาวญวนและชาวจีนมาเป็นกำลังสนับสนุนเพื่อช่วยออกลาดตระเวน และประจำป้อมที่อยู่แนวหน้า[16]

ในเดือนมีนาคม ปี 1860 กองกำลังฝรั่งเศส-สเปนที่ไซ่ง่อนจำนวนแค่ 1,000 นาย ถูกปิดล้อมโดยกองทัพเวียดนามที่มีกำลังประมาณ 10,000 นาย ซึ่งจำเป็นต้องมีเสบียงเป็นจำนวนมากเพื่อสนับสนุนการล้อมเมืองที่นานถึงสิบเอ็ดเดือน[17] ในเวลาเดียวกัน กำลังของฝรั่งเศสลดลงอย่างรวดเร็วจากการล้อมเมืองดานังตั้งแต่เดือนกันยายน ปี 1858 ถึงเดือนมีนาคม ปี 1860 และท้ายที่สุดแล้วในเดือนมีนาคมนั้นเอง ฝ่ายฝรั่งเศสก็อพยพออกจากเมืองดานัง